【2026年10月1日施行】在留資格の更新・変更手数料が大幅値上げ！特定技能受入企業が取るべきコスト削減対策と新料金まとめ | 特定技能online

【2026年10月1日施行】在留資格の更新・変更手数料が大幅値上げ！特定技能受入企業が取るべきコスト削減対策と新料金まとめ

2026年10月1日より、在留資格の「変更許可」「期間更新許可」および「永住許可」の在留許可手数料が大幅に改定（値上げ）されました。
これまでは一律料金だった更新・変更手数料が、許可される在留期間に応じた段階制（1万〜7.5万円）へと移行し、永住許可は20万円へと引き上げられます。
特に「特定技能」などの外国人材を多く雇用する企業にとっては、更新ごとの費用負担が数倍になる極めてインパクトの大きい改定です。本記事では、登録支援機関の視点から、新しい手数料の一覧、値上げの適用基準、オンライン申請での「収入印紙廃止」に伴う新たな決済ルール、そして企業が今すぐ実践すべきコスト抑制対策を分かりやすく解説します。

1. 【新旧比較】2026年10月1日からの在留許可手数料一覧

今回の改定により、手数料は一律ではなく「許可された在留期間」が長いほど高額になる仕組みに変わりました。また、窓口申請よりもオンライン申請の方が安く設定されています。

在留資格変更許可・在留期間更新許可の手数料

＜改定前／2026年9月30日まで＞

許可	申請方法	改定前の手数料
在留資格変更許可 在留期間更新許可	窓口	6,000円
	オンライン	5,500円

＜改定後／2026年10月1日以降＞

許可期間	申請方法	改定後の手数料
3ヶ月以下	窓口	10,000円
	オンライン	10,000円
3か月超 〜 6か月以下	窓口	18,000円
	オンライン	15,000円
6か月超 〜 1年未満	窓口	25,000円
	オンライン	21,000円
1年	窓口	33,000円
	オンライン	27,000円
1年超 〜 3年未満	窓口	48,000円
	オンライン	42,000円
3年以上 〜 5年未満	窓口	64,000円
	オンライン	56,000円
5年以上	窓口	75,000円
	オンライン	65,000円

永住許可の手数料

申請方法	改定前の手数料	改定後の手数料
窓口	10,000円	200,000円

※オンライン申請の場合、別途クレジットカード等の決済手数料（330円もしくは550円）が加算されます。

据え置きとなる手数料・無料措置

今回の法改正でも、以下の手数料は「据え置き」または「無料」のまま変更ありません。
• 再入国許可： 3,500円（一回） / 6,500円（数次）
• 在留資格認定証明書（COE）交付申請： 無料
• 資格外活動許可申請： 無料
• 就労資格証明書交付申請は窓口申請が 2,000円、オンライン申請が 1,600円（決済手数料別途）

 

2. 実務上の最重要変更！オンライン申請の「収入印紙廃止」と新たな決済ルール

2026年10月1日以降の申請分より、金額の改定だけでなく「手数料の支払い方法（納付方法）」も大幅に変更されました。
特にオンライン申請では収入印紙が一切使用できなくなりましたので、実務担当者は以下の変更点と手順を必ず把握してください。

① オンライン申請：収入印紙は「不可」！コンビニか銀行決済へ移行

② 窓口申請：従来どおり「収入印紙」を継続、ただし在庫切れに注意

④ 【企業の防犯対策】入管を騙る「偽メール（詐欺）」への警戒

納付方法がメール案内からのオンライン決済に移行したことで、入国管理局を装ったフィッシング詐欺メールのリスクが高まっています。実務担当者や外国人本人が詐欺被害に遭わないよう、社内でのドメイン確認を徹底してください。
• 出入国在留管理庁が指定する本物の決済メールアドレス（ドメイン）：
　・ 決済リンクの案内：@service-dgft.com
　・ 支払方法選択・完了通知：@veritrans.jp
　・ 社内ルール： これら以外のメールアドレスから手数料の支払いを求められた場合は、絶対にリンクを開かず、登録支援機関や管轄の入管へ確認してください。

• 出入国在留管理庁から、コンビニ決済又は銀行決済以外の方法等で支払いを求められることはありません
　・オンライン申請者に対して、クレジットカード決済又はQRコード決済で手数料納付を求めることは一切ありません。
　・オンライン申請者に対して、決済リンクはメールで送付するため、紙で納入通知書等を送付することはありません。

• 出入国在留管理庁から、出入国管理及び難民認定法で規定される申請に係る許可手数料以外に金銭を要求されることはありません
　　例）「日本にいるために必要」、「外国人を雇っている会社は管理費用を支払わなければならない」などと言って金銭を要求されることなどはありません。

3. 新料金はいつから適用される？「申請日」基準の注意点

最も注意すべきなのは、「新料金が適用されるタイミング」です。これは「新しい在留カードを受け取った日」ではなく、「入管に申請書を受理された日（申請日）」が基準となります。
• 2026年9月30日までに申請した場合： 実際の許可（在留カードの受け取り）が10月1日以降になっても、旧料金（一律6,000円/5,500円）が適用されます。
• 2026年10月1日以降に申請した場合： すべて新料金が適用されます。
特定技能外国人などの在留期間満了日が2026年10月〜12月頃にある場合、満了日の3か月前から更新申請が可能です。9月中に前倒しで申請を完了させることで、法的に旧料金（安い手数料）を適用させることが可能です。社内の対象者のスケジュールを今すぐ確認しましょう。

4. 特定技能の受入れ企業が今すぐ取るべき3つのコスト削減対策

特定技能外国人を複数名雇用している企業にとって、今回の値上げは年間数十万円のコスト増になり得ます。以下の3つの対策を講じることで、負担を最小限に抑えることができます。

① 在留資格の手続きはすべて「オンライン申請」に統一する

料金表の通り、窓口申請とオンライン申請では数千円〜1万円の差があります。例えば「3年」の許可が下りた場合、窓口だと48,000円ですが、オンラインなら42,000円となり、1人あたり6,000円のコスト削減になります。移動の手間や待ち時間も削減できるため、オンライン申請への移行は必須です。

② 初回から「長い在留期間」を取得できる体制を整える

今回の改定は「細かく何度も更新するほど損をする」仕組みです。特定技能で「1年」の許可を3回繰り返すとオンラインでも計81,000円（27,000円×3回）かかりますが、最初に「3年」の許可を取れれば42,000円で済み、差額は39,000円にもなります。
安定した雇用実績、適切な労務管理、そして確実な書類準備を行うことで、入管から信頼を得て長い在留期間（3年や5年）を勝ち取ることが最大の節約になります。

③ 社内規程（就業規則）で「手数料の負担割合」を明確にする

入管の規定上、在留資格の変更・更新手数料は「外国人本人が支払うべきもの（原則）」とされていますが、特定技能においては企業が好意で全額負担しているケースも多く見られます。
手数料が数倍に跳ね上がるため、「会社が全額負担するのか」「一部を本人の自己負担（給与控除など）にするのか」を事前に労使間で話し合い、社内規程を整備しておくことが、のちの労務トラブルを防ぐために極めて重要です。

5. まとめ：制度改正への対応に不安がある企業様へ

026年10月の手数料改定は、企業のコスト管理だけでなく、オンライン決済への移行やスケジュール調整など、実務面でも大きな変化をもたらします。
「社内でオンライン申請に対応する余裕がない」「できるだけ長い在留期間を取得してコストを抑えたい」「社内規程をどう見直すべきか分からない」といったお悩みがございましたら、登録支援機関である私たちにぜひご相談ください。
複雑な申請手続きの代行から、法改正に合わせた受入れ体制の最適化まで、専門スタッフがトータルでサポートいたします。

特定技能人材の採用をお考えの皆様へ

今まで外国人材を雇用された経験のない企業様も多いのではないでしょうか。

・日本語でのコミュニケーションに問題はないか？
・どのような仕事を任せられるのか？
・どの国の人材が良いのか？
・雇用するにあたり何から始めればよいのか？

…など、様々不安や疑問があるかと思います。

外国人材採用をご検討の方、是非一度お問い合わせくださいませ。

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